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阻垢劑可以用于控制碳酸鹽垢、硫酸鹽垢以及氟化鈣垢

通常有三類阻垢劑:六偏磷酸鈉(SHMP)、有機磷酸鹽和多聚丙烯酸鹽。

相對聚合有機阻垢劑而言，六偏磷酸鈉價廉但不太穩定，它能少量的吸附于微晶體的表面，阻止結垢晶體的進一步生長沉淀。但須使用食品級六偏磷酸鈉，還應防止SHMP在計量箱中發生水解，一旦水解，不僅會降低阻垢效率，同時也有產生磷酸鈣沉淀的危險。因此，目前極少使用SHMP，有機磷酸鹽效果更好也更穩定，適應于防止不溶性的鋁和鐵的結垢，高分子量的多聚丙烯酸鹽通過分散作用可以減少 SiO2結垢的形成。

但是聚合有機阻垢劑遇到陽離子聚電解質或多價陽離子時，可能會發生沉淀反應，例如鋁或鐵，所產生的膠狀反應物，非常難以從膜面上除去。對于阻垢劑的加入量，請咨詢阻垢劑供應商。必須避免過量加入，因為過量的阻垢劑對膜而言也是污染物。

在含鹽量為35,000mg/L的海水反滲透系統中，結垢問題沒有苦咸水中那樣突出，海水受濃水滲透壓所困，其系統回收率在30~45%之間，但為安全起見，當運行回收率高于 35%時，推薦使用阻垢劑。

陽離子聚電介質可能會與負電性的阻垢劑發生協同沉淀反應并污染膜表面，必須保證當添加陰離子阻垢劑時，水中不存在陽離子聚合物。

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