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1培養法

水中細菌的濃度與該水源生物污染可能性是有直接關系的，細菌總數(TBC)是水樣中已有微生物總數量的定量，按照TMF60規法，用方式過濾一定量的水樣來確定細菌總數。將截留在過濾介質表面的生物組織置于一定的營養物中進行培養，形成菌落，通過低倍放大鏡就可以觀察到并對菌落進行計數。

這一方法的主要優點是無需昂貴的儀器設備就可以進行，但是測定結果要等到7天之后才能得出，被計數的菌落也僅為標活微生物總量的1—10%。技術然表示微生物污染可能性程度和趨勢的有效方法。它可以用于觀濃水和產水中的情況。如果濃水中總細菌數增加，就表明膜元件內出現了生物膜污染。

2、直接細菌計數

直接計數技術采取先過濾水樣，然后在顯微鏡下直接對截留在過濾介質上的微生物進行計數。為了使得微生物能夠觀察必須對微生物用沙黃進行著色，然后在透光熒光顯微鏡下進行計數。

這樣總微生物的精確數量就可以立刻獲得，微生物的類型可以從沉積顆粒上進行區分。但是細胞組織的死活情況就行區分。這時要采用細，樣可以使用相差與微分干擾顯從死細胞中區分出活細胞來。因為它比培養法更快更精確，應優先選擇直接細菌計數法。

3、生物膜檢測

未經處理的原水、膜裝置進水和濃水中的微生物含量是評估潛在生物污染的重要指標。但其它因素如營養成份的濃度和種類、操作參數也決定了生物膜的發展，某些研究者開展生物膜形成的研究表明，人們還沒有充分認識清楚生物膜，早期確認產生生物膜的最好辦法是觀察進水中試樣的表面，即所謂“Robbin試樣”，它是將小型試樣置于水樣中的一個簡單的裝置，這些安置在表面的試樣可以按一定時間間隔移走，檢查所附著的細菌情況。實際系統操作過程中，定期仔細地檢查保安濾器濾芯以及進水和濃水管內表面，也是有效的做法，當出現粘泥和異味時就表明有微生物污染。

4、其它方法

可以用Wener 方法估計某一水源細菌出現的可能性，它是樣品進行移植的方法。水樣經過濾并滅菌，然后加入滅菌過的無機鹽營養液，用滅菌過的過濾器過濾水樣，再從該過濾介質表面沖洗下來一定體積細菌懸浮物進行移植培養。用光散射的方法，定量地根據濃度的增加來確定細菌的產生速率。別的方法還有測量可吸收有機碳或生物可降解有機碳的含量。

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